本期节目，跟大家聊一聊我在美国博后期间完成的第一个工作，本周刚刚发表于American Journal of Human Genetics （AJHG）。在此工作中，我们完成了世界首次将RNA-seq转录组测序在临床落地应用于孟德尔遗传病的诊断。 主要内容 00：26 RNA-seq诊断背景介绍 09:55 本工作介绍 相关链接 我的文章链接：10.1016/j.ajhg.2025.02.006 leafcutter：https://doi.org/10.1038/s41588-017-0004-9 outrider: 10.1016/j.ajhg.2018.10.025 fraser：10.1016/j.ajhg.2023.10.014 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森 同时也可以添加微信zhaosen830进入听友交流群，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，与温州医科大学周猛教授团队的焉冬雪一起聊一聊她近期发表于Nature Computational Science的工作“Leveraging pharmacovigilance data to predict population-scale toxicity profiles of checkpoint inhibitor immunotherapy”。本工作应用人工智能模型对肿瘤免疫治疗的公共数据进行挖掘，设计非常巧妙。我们共同探讨了本工作的设计、结果及颇为曲折的审稿过程。 主要内容 02:11 项目设计与构思 03:32 什么是免疫检查点抑制剂 08:31 公共数据获取与算法选择 22:26 应用价值与局限性 24:22 审稿流程 29:44 公共数据挖掘的设计思路与技巧 相关链接 Nature Computational Science文章链接：10.1038/s43588-024-00748-8 Food and Drug Administration Adverse Event Reporting System (FAERS）数据库：https://www.fda.gov/drugs/fdas-adverse-event-reporting-system-faers/fda-adverse-event-reporting-system-faers-public-dashboard 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森 同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

由于领域内的青年教师们年终过于繁忙，本期节目还是由我自己给大家进行2024年的医学遗传年度盘点，分享三个这一年领域内的重要突破~ 1. 非编码RNA突变导致孟德尔疾病 RNU4-2基因: 10.1038/s41586-024-07773-7 CHASERR基因: 10.1056/nejmoa2400718 2. 串联重复变异的东山再起 人类串联重复的金标准构建: 10.1038/s41587-024-02225-z 人类串联重复数据库TR-gnomAD: 10.1016/j.cell.2024.03.004 3. 人类单细胞测序图谱 https://www.nature.com/collections/jccbbdahji 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森 同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，和上海睿璟生物的CTO石涵博士，一起聊一聊人工智能在医学遗传中的应用。我们讨论了AI agent用于ACMG突变解读的自动化；基因组语言模型应用于突变致病性的预测；以及甲基化分子分型在肿瘤遗传中的应用。 主要内容 03:39 AI agent用于ACMG突变解读 07:25 AI agent的成本控制 12:20 全新的基于贝叶斯推理模型的ACMG框架 16:57 基因组语言模型应用于突变致病性的预测 20:30 甲基化分子分型在肿瘤遗传中的应用 相关链接 ACMG guideline 4.0：https://clinicalgenome.org/tools/clingen-summer-workshop-series-2023/sept-15-2023/ 基因组语言模型： GPN（基因组预训练网络）：https://hub.baai.ac.cn/view/20211 HyenaDNA：https://hazyresearch.stanford.edu/blog/2023-06-29-hyena-dna Evo genetic foundation model：https://arcinstitute.org/tools/evo 脑肿瘤甲基化分子分型模型Sturgeon：10.1038/s41586-023-06615-2 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森 同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

朋友们圣诞快乐~ 今天跟大家分享一下我个人的学术年终总结，以及在学术工作过程中的一些小故事和心得体会，希望和大家一起学习，成长，未来能和朋友们在学术和转化方向多多合作~ 其中提到的生信、变成入门学习资料： Introduction to statistical learning：https://www.statlearning.com/ Introduction to python: https://www.edx.org/learn/python/harvard-university-cs50-s-introduction-to-programming-with-python linux入门：www.ehbio.com 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森 同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，我们请到了来自清华大学智能产业研究院的贾寅君，一起聊一聊人工智能（AI）如何助力小分子药物筛选，并学习了他最新的工作DrugCLIP，一个微秒级别的小分子药物虚拟筛选工具。应用DrugCLIP，他们完成了首个基因组级别药物虚拟筛选工程，为药物发现从单靶点时代迈向基因组时代奠定了基础。 主要内容 00:42 寅君弃医从研的心路历程 02:42 清华大学智能产业研究院 03:40 DrugCLIP工作的缘起 05:23 DrugCLIP的主要功能和核心算法 16:47 全基因组级别药物筛选 18:45 大家如何使用DrugCLIP进行药物筛选 24:35 AI+小分子药物筛选的展望 相关链接 预印本论文：Deep contrastive learning enables genome-wide virtual screening https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.02.610777v2 基因组级别虚拟筛选数据库：https://drug-the-whole-genome.yanyanlan.com/ 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森 同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，我们请到了来自美国贝勒医学院人类基因组测序中心的郑欣畅博士，一起聊一聊三代测序在基因组结构变异分析中的重要作用，并介绍他们团队最新的工作STIX：结构变异注释工具。 主要内容 01:48 郑欣畅博士在中国科学院北京基因组所的一些工作 06:29 结构变异研究的重要科学问题：如何准确计算人群频率？ 09:25 STIX软件的开发 13:57 使用long-read数据对STIX进行升级 20:14 大家应该如何使用STIX工具注释自己的结构变异 相关链接 国家生物信息中心数据库概览：https://www.cncb.ac.cn/ STIX preprint paper：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.30.615931v1 STIX API：https://github.com/zhengxinchang/stix_web_frontend 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森 同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，我们请到了Genetics in Medicine（GIM) open杂志的主编，来自美国贝勒医学院的袁博教授一起聊一聊GIM open杂志创办的缘起，杂志运行的日常，以及对作者的一些建议，欢迎大家多多投稿！同时，我们也交流了袁博教授在贝勒医学院人类基因组测序中心的工作方向以及对于医学遗传学新技术及人工智能应用的愿景~ 主要内容 00:41 GIM open杂志创办的缘起 04:15 杂志运行的日常 13:40 对作者的一些建议 18:25 贝勒医学院人类基因组测序中心 25:10 AI+遗传咨询 相关链接 GIM open杂志: https://www.gimopen.org/ American College of Medical Genetics (ACMG): https://www.acmg.net/ 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森 同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本周跟大家分享一篇新鲜出炉的文献： Fair, B. et al. Global impact of unproductive splicing on human gene expression. Nat. Genet. 1–11 (2024) doi:10.1038/s41588-024-01872-x. 来自芝加哥大学的研究团队通过最新的nascent RNA-seq（naRNAseq）技术，定量分析了mRNA剪切这个重要生物学过程的“良品率”到底有多高，mRNA剪切的失误对基因表达有何影响，是否可以作为潜在药物靶点~ 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森 同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，和来自美国爱因斯坦医学院的宫昌林（Charlie）博士，一起聊一聊在美国做内科住院医生的轮转计划，工作安排，以及职业发展轨迹~ 主要内容 00:28 考U和match经验分享 04:10 内科住院医师轮转安排 06:12 内科住院医师标准的一天生活 17:55 work life balance 19:05 医生职业发展轨迹 23:22 科研对于职业发展的重要性 25:29 不同类型医院的职业发展 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森 同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

很多生物医药人儿都会考虑毕业之后从学术界跨入业界，但是因为信息不对称感到迷茫。 本期节目，和高手咨询的创始人高举先生，跟大家一起聊一聊从学术界向业界转型的方法论和注意事项。 主要内容 1:00 业界可能的职业选择 03:21 如何获取职位信息 12:58 应该提前做哪些准备？ 17:07 从象牙塔迈入职场的适应 22:10 职业发展路径 25:04 跳槽与工作变动，裁员 如果需要与猎头联系，欢迎联系高举先生微信GaoshouWill 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森 同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，我们请到了来自美国西北大学的赵恒强博士，一起探讨三维基因组的测序方法的由来，对于临床诊断和治疗的潜在应用，以及未来的发展方向。 主要内容 01:38 什么是三维基因组？ 04:50 什么是Hi-C技术 09:10 如何优化三维基因组分析的运算量 10:30 三维基因组的下游分析：染色体疆域；AB compartment；拓扑结构域（TAD）；染色质环（enhancer-promoter相互作用） 14:48 三维基因组在医学遗传中的应用 18:50 三维基因组在治疗中的应用 20:13 能否通过人工智能预测三维基因组结构 23:36 恒强实验室的最新研究进展 相关术语及文献 TAD：拓扑结构域（英语：Topological domains）或称为拓扑相关结构域（Topologically associating domains，简称TAD）是染色质亚结构的学术名称 Hi-C技术：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22652625/ 从epigenetic数据直接预测三维基因组图谱的工具： https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.1714980114 https://academic.oup.com/bib/article/25/2/bbae096/7630477 https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-023-02934-9 http://biorxiv.org/cgi/content/short/2024.07.17.603864v1?rss=1 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com，小红书/微博：@撸森森 同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

【英文特辑】 本期节目，和来自美国贝勒医学院的遗传咨询师Nhi Ho，一起聊聊如何在美国成为遗传咨询师，及这个行业的现状和未来~ 随着遗传咨询培训项目以及就业岗位的迅速发展，遗传咨询在中美都是非常有前景的职业发展选择！ 主要内容 00:51 What is genetic counseling? 04:52 Genetic counseling training programs 07:58 Certification exam 14:32 Requirement to apply for genetic counseling training programs 19:22 Working on research and clinical sides of genetic counseling 21:28 What makes a good genetic counselor 23:29 New technologies and AI in genetic counseling 相关链接 清华大学医学遗传咨询硕士（MMGC）： https://www.med.tsinghua.edu.cn/info/1373/3426.htm Baylor College of Medicine Genetic Counseling Program：https://www.bcm.edu/education/school-of-health-professions/genetic-counseling-program 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 zhaosen830@gmail.com 同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

你是否正在考虑来美国做博后？或者正在准备的过程中？ 本期节目， 由主播本人独自为大家介绍美国生物医药博后的职业定位，求职技巧，准备工作，以及前前后后的一些事儿~ 主要内容 01:04 什么是博士后工作 02:02 什么样的人适合或者不适合来美国做博后？ 07:30 博后的申请过程和技巧 10:37 签证类型 15:00 博后登陆准备 17:47 博后工作节奏 21:18 博后职业发展 大家对播客有任何问题和建议请联系我！欢迎自荐或推荐嘉宾一起聊天儿~ 邮箱：zhaosen830@gmail.com 微博/小红书： @撸森森

本期节目，我们请到了来自中国医学科学院肿瘤医院/国家癌症中心的贾梓淇大夫，一起盘点2024年上半年医学遗传领域的一些有趣的文章和事件！ 主要内容及文献链接 01:03 Timothy syndrome的ASO小核酸药物开发和临床前研究 https://www.nature.com/articles/s41586-024-07310-6 09:46 胚系突变通过免疫编辑影响乳腺癌亚型及转移风险 https://www.science.org/doi/10.1126/science.adh8697 20:13 FDA准备摒弃LDT优待，对基因检测市场的影响 https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/fda-takes-action-aimed-helping-ensure-safety-and-effectiveness-laboratory-developed-tests 26:58 乳腺癌多基因变异对治疗敏感性的影响，基因型表型关联 https://www.cell.com/cancer-cell/abstract/S1535-6108(24)00091-6 37:33 我今年发表的脊柱畸形研究的小NC，及文章背后的故事 https://www.nature.com/articles/s41467-024-45442-5 44:40 ASCO近期发布的的实体瘤胚系基因检测指南 https://ascopubs.org/doi/10.1200/JCO.24.00662 相关术语 Antisense oligonucleotide (ASO): 反义寡核苷酸(ASOs)被定义为化学合成的寡核苷酸，通常长度为12-30个核苷酸，目的是通过Watson-crick碱基配对规则与RNA结合。 www.wikiwand.com HER2 阳性乳腺癌是一种被称为人表皮生长因子受体 2（HER2）的蛋白质检测呈阳性的乳腺癌。这种蛋白质对癌细胞的生长有促进作用。每 5 名乳腺癌患者中大约有 1 名患者的癌细胞中含有用于制造 HER2 蛋白质的额外基因拷贝。HER2 阳性乳腺癌通常比其他类型的乳腺癌更具侵袭性。 遗传性乳腺癌预测模型Dr.ABC: genomemedicine.biomedcentral.com LDT，全称为实验室自主研发的检测项目（Laboratory Developed tests），是一种区别于已经获得上市批准的商业化体外诊断试剂（in Vitro Diagnostic，“IVD”）的产品，最初起源于美国。由于市场上缺少诊断特定疾病的已上市试剂产品，一些临床实验室选择发展和使用LDT。1988年，美国国会通过了临床实验室改进修正法案（Clinical Laboratory Improvement Amendments，CLIA），在法规层面明确允许临床实验室研发和使用LDT。 对于节目有任何问题和建议，或者想来一起聊天，介绍自己最新的工作，都欢迎联系我！ 邮箱：zhaosen830@gmail.com 微博/小红书：@撸森森